问答题
本案中被告违反了环境法规定的三同时制度。根据我国《环境保护法》的规定，建设项目中防治污染的设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用，防治污染的设施必须经原审批环境影响报告书的环保部门验收合格后方可投入生产或使用。本案中养殖场在其环保治污设施未通过原审批环境影响报告书的环保部门竣工验收合格的情况下，将承包的养殖用地投入使用，造成养殖废水渗入地下水系统。污染了水库，损害了村民的健康，违反了环境保护的三同时制度。