问答题
某综合楼以工程量清单计价方式进行了公开招标，某招标人参加了投标，并以3600万元人民币中标，其中暂列金额为120万元。在规定的时间内，按招标文件的要求，发承包双方用湖北省建设工程施工合同示范文本（EF-2007-0203）签订了合同。在合同专用条款中，没有约定工程变更价款的方式，但约定了本工程单价包干方式，且仅只有钢材、水泥市场信息价格超过投标报价时的信息价格的10%以上时才能调整，并约定了调整方法。在合同履行过程中，双方发现了工程量清单和投标文件中存在一些问题，简述如下：
（1）投标文件中，将工程量清单中010403002001项现浇矩形梁的工程量12000m³误以1200m³的工程量报价。
（2）经与图纸核实，工程量清单中，漏算了十二层柱的C25砼的工程量计50m³，全部的屋面防水1200㎡。经查，十二层柱的砼的各种参数与第十一层相同。
（3）投标文件中，外墙干挂石材的价格为140元/㎡。在投标期间，同类石材的价格为200元/㎡，在施工过程中，该石材略有上升，承包人在与发包人交涉过程中，发包人口头承诺可以调价。最终承包人以220元/㎡购得该石材。
问题：