根据检查证使用人检查区域范围不同，核发检查证的机关主要有：省级烟草专卖行政主管部门和国务院烟草专卖行政主管部门，具体核发工作由省级烟草专卖行政主管部门和国务院烟草专卖行政主管部门内设的法规部门负责。